את אשתו עדה ושלושת ילדיהם, אבי עזריה ושולמית, השאיר איסר במעלה-החמישה. איסר חזר משליחותו בפולין בתום שנתיים ב-1947.
אבני דרך נוספות בחייו של איסר בן-צבי
1949-1947 חבר המפקדה הארצית של ההגנה
1950-1949 שליחות למזרח אירופה מטעם המחלקה המדינית של אגף החקר במשה"ח בראשות ראובן שילוח
1954-1950 מזכ"ל 'הפועל' ויו"ר הועד האולימפי
1955-1954 ראש אגף הנוער והנח"ל במשרד הבטחון
1965-1962 נציג בנק הפועלים באמריקה הלטינית
1970-1967 נציג הסוכנות היהודית באמריקה הלטינית
איסר נפטר במרס 1971